Государственное образовательное учреждение дополнительного образования детей Республики Марий Эл «Детский эколого-биологический центр» создано в соответствии с Приказом Министерства просвещения Марийской АССР от 23 марта 1949г. № 60 «Об открытии Республиканской станции юных мичуринцев».
В соответствии с Приказом Министерства просвещения Марийской АССР от 30 ноября 1949г. № 256 «Республиканская станция юных мичуринцев» переименована в «Республиканскую станцию юных натуралистов Марийской АССР».
В соответствии с Приказом Министерства образования и воспитания Республики Марий Эл от 19 ноября 1996г. № 350 «О реорганизации Республиканской станции юных натуралистов» Республиканская станция юных натуралистов Марийской АССР реорганизована в Государственное учреждение «Республиканский эколого-биологический центр учащихся».
В соответствии с Приказом Министерства образования и воспитания Республики Марий Эл от 26 мая 2000 года № 260 Государственное учреждение «Республиканский эколого-биологический центр учащихся» переименовано в Государственное учреждение дополнительного образования детей «Республиканский эколого-биологический центр учащихся Министерства образования и воспитания Республики Марий Эл».
В соответствии с Распоряжением Министерства государственного имущества Республики Марий Эл от 6 июля 2001 года № 247 Государственное учреждение дополнительного образования детей «Республиканский эколого-биологический центр учащихся Министерства образования и воспитания Республики Марий Эл» переименовано вГосударственное учреждение дополнительного образования детей «Республиканский эколого-биологический центр учащихся».
В соответствии с Приказом Министерства образования Республики Марий Эл от 28 марта 2006 года № 92 Государственное учреждение дополнительного образования детей «Республиканский эколого-биологический центр учащихся» переименовано вГосударственное образовательное учреждение дополнительного образования детей Республики Марий Эл «Эколого-биологический центр».
В соответствии с Приказом Министерства образования Республики Марий Эл от 20 марта 2007 года № 242 Государственное образовательное учреждение дополнительного образования детей Республики Марий Эл «Эколого-биологический центр» переименовано вГосударственное образовательное учреждение дополнительного образования детей Республики Марий Эл «Детский эколого-биологический центр».
В соответствии с Приказом Министерства образования и науки Республики Марий Эл от 30 декабря 2010 г. № 1393, Приказом Министерства образования и науки Республики Марий Эл от 30 июня 2011 г. № 800/1 Государственное образовательное учреждение дополнительного образования детей Республики Марий Эл «Детский эколого-биологический центр» переименовано в Государственное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей Республики Марий Эл «Детский эколого-биологический центр».
В соответствии с приказом Министерства образования и науки Республики Марий Эл от 13 апреля 2015 г. № 505 «О переименовании государственных бюджетных образовательных учреждений дополнительного образования детей» Государственное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей Республики Марий Эл «Детский эколого-биологический центр» переименовано в Государственное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования Республики Марий Эл «Детский эколого-биологический центр».
В соответствии с приказом Министерства образования и науки Республики Марий Эл от 4 сентября 2015 г. № 1374 утвержден Устав Государственного бюджетного образовательного учреждения дополнительного образования Республики Марий Эл «Детский эколого-биологический центр».
В соответствии с распоряжением Министерства государственного имущества Республики Марий Эл от 24 сентября 2015 г. № 1830 согласован Устав государственного бюджетного образовательного учреждения дополнительного образования Республики Марий Эл «Детский эколого-биологический центр» в новой редакции, утвержденный приказом Министерства образования и науки Республики Марий Эл от 4 сентября 2015 г. № 1374.
В последнее десятилетие центр работает в инновационном режиме, активно принимая участие в проектной деятельности, участвуя в грантах, конкурсах:
2004 г. – Российский образовательный форум «Школа – 2004»: медаль и диплом финалиста Конкурса инновационных разработок за программу «Социальное сотрудничество в решении воспитательных задач в сфере дополнительного образования».
2005 г. – II место во всероссийском юниорском лесном конкурсе «Подрост» за выпуск ряда методических и учебных пособий по организации деятельности школьных лесничеств.
2006 г. – II место в конкурсе Национальной экологической премии «ЭКОМИР»-2006, за проект «Создание модели интегрированного экологического образования и воспитания через взаимодействие различных сфер образования».
2008 г. – Государственный контракт по реализации проекта «Разработка нормативной и учебно-методической базы для организации взаимодействия учреждений общего среднего и среднего профессионального и дополнительного образования на примере школьных лесничеств в условиях действия нового Лесного кодекса» (совместно с факультетом лесного хозяйства и экологии ГОУ ВПО «Марийский государственный технический университет»).
2008 г. – 1 место в окружном этапе III Всероссийского конкурса учреждений дополнительного образования детей, посвященного 90-летию государственной системы дополнительного (внешкольного) образования.
2010 – II место в республиканском конкурсе методических служб (кабинетов) в системе дополнительного образования детей Республики Марий Эл.