В 1873 году в Нежнуре было открыто земское одноклассное училище. Тогда село входило в Юкшумскую волость Яранского уезда Вятской губернии. В училище обучалось 95 учеников. Для того времени наполняемость была довольно высокой. Дети ходили в училище со всей округи. Преподавание велось на русском языке. Учиться начинали в середине сентября и заканчивали в конце апреля. Училище имело общежитие на 37 мест. Занятия вели учителя Мария Ивановна Девиденис, Галина Николаевна Бушуева, Лидия Васильевна Соловьева – первые представители сельской интеллигенции.
В 1913 году построили новое здание, школа стала называться церковно-приходской. Обучение было трёхгодичным. С 1925 года школа стала четырёхлетней. Директором тогда работала Анна Васильевна Корчагина, строгая и справедливая женщина, завоевавшая большое уважение населения. Первый класс вела Анна Ионовна Бородина, в других классах преподавали соответственно Зинаида Васильевна Климантова, Наталья Андреевна Уракова, Анна Васильевна Корчагина.
С 1932 года школа перешла на семилетнее обучение, директором назначили Марию Никитичну Гаранину. Классы были большие - до 30 и более учеников. Школу посещали дети и из Горьковской области – из деревень Чезганы, Керганы, Кисели, Курзеня. Учителями трудились З.В.Климантова (в 1952 году ей присвоили звание «Заслуженный учитель школы Марийской АССР»), С.П.Гаранин, А.Л.Сиваньков, И.Т.Куклин, П.П.Киселев, К.И.Ярусланова и другие.
В 1933- 1934 учебном году директором школы назначили Алексея Федоровича Острова. Он преподавал геометрию, алгебру, физику, проводил очень интересные уроки, давал учащимся хорошие знания. Был внимательным к людям, ответственным человеком. Школа считалась лучшей в районе. Дисциплина в школе была отличной, везде царили порядок и чистота. В 1941 году А.Ф. Остров ушел на фронт и героически погиб.
В тяжелые военные годы директорами школы работали Александра Степановна Девиденис (1941-1943 г.г.) и Валентина Кузьминична Якимова (1943-1945 г.г.). Во время войны учащиеся не только учились, но и вместе со своими учителями помогали на колхозных полях убирать урожай, заменяя ушедших на фронт отцов и старших братьев.
В 1942 году в Нежнуре был открыт детский дом, учащихся в школе прибавилось. Школа занимала двухэтажное кирпичное здание (бывший дом купца Ястребова). Места не хватало, и классы частично размещались в частных домах в деревнях.
В 1952 году в Нежнурской семилетке обучалось 225 детей.
В 1962-1963 учебном году школу реорганизовали в восьмилетнюю, а в 1972 году - в среднюю.
Много лет проработали в школе отличники народного просвещения Нина Тихоновна Острова, Екатерина Петровна Киселева, Зинаида Михайловна Качмашева, ей в 1971 году присвоили звание «Заслуженный учитель Марийской АССР», Алевтина Михайловна Барышникова, Зоя Петровна Пылаева, Ираида Аркадьевна Шурыгина и многие другие учителя.
Только слова благодарности заслужили директора школы Зинаида Васильевна Климантова, Александр Филиппович Миляев, Антонина Андреевна Ожиганова, Зоя Георгиевна Искрицкая, Сергей Иванович Серебряков, Лилия Степановна Мертвищева, Людмила Арсентьевна Толмачева, Сергей Владимирович Кудрявцев, Любовь Николаевна Кудрявцева
Типовое здание Нежнурской школы было построено в 1990 году. С 2007 года по 2014 год возглавляла ее Ирина Николаевна Зверева.В настоящее время школу посещают 40 учащихся. Для осуществления учебно-воспитательного процесса школа имеет мастерские, столовую, спортзал, актовый зал, спортивную площадку, школьный музей, теплицу, земельный участок. Работает она по кабинетной системе, здесь трудятся 15 педагогов. Более 25 лет педагогического стажа имеют В.Х. Иванова, Л.М. Данилова, К.М. Иголкина, Т.Л. Волкова, И.Н. Зверева, Э.И.Иванова, С.И.Иголкина. Коллектив учителей успешно решает проблемы обучения и воспитания школьников.
При школе организована работа дошкольной групы, которую посещают 17 воспитанников . Воспитателями в дошкольной группе работают Грачёва Г.Н., Качмашева Н.В., Кропинова Н.С.